Молекулярная филогенетика

Курс посвящён основам филогенетики и современным методам, применяемые для построения филогении по данным последовательностей нуклеиновых кислот или белков. Кроме того, мы рассмотрим некоторые другие темы, необходимые для понимания закономерностей эволюции.

Введение. Необходимая терминология. Знакомство с деревьями


1.1 Введение


1.2 Подходит ли Вам этот курс?


1.3 Необходимая терминология


1.4 Практические аспекты обращения с деревьями

Выравнивание нуклеотидных и белковых последовательностей


2.1 Алгоритмы попарного выравнивания


2.2 Особенности выравнивания белковых последовательностей


2.3 Множественное выравнивание


2.4 Базы данных последовательностей

Методы построения и проверки деревьев


3.1 От выравнивания к дереву


3.2 Методы расстояний: UPGMA, NJ


3.3 Дискретные методы: MP, ML


3.4 Сравнение и укоренение деревьев


3.5 Тестирование топологии


3.6 Bootstrap, jackknife


3.7 Немного о байесовской статистике


3.8 Байесовские методы восстановления филогении


3.9 Байесовские методы для датировки

Эволюция гена и генома


4.1 Терминология генетики популяций и закон Харди-Вайнберга


4.2 Факторы, влияющие на популяцию


4.3 Коалесцентные методы


4.4 Гомология последовательностей и семейства генов


4.5 Маркерные гены


4.6 Заключение