Bioinformatique : algorithmes et génomes
Offered By: Inria (French Institute for Research in Computer Science and Automation) via France Université Numerique
Course Description
Overview
A propos du cours
Nouveauté : cours ouvert pour une durée longue
For english speakers or those who want to learn about bioinformatics in english: an english version of this course is available here.
Dans ce cours, nous verrons comment l’informatique permet d’interpréter le texte des génomes. Doté d’algorithmes adaptés, mis en œuvre sous forme de programmes efficaces, l’ordinateur produit des prédictions quant à la localisation des milliers de gènes d’un organisme vivant et les fonctions que remplissent les protéines qu’ils codent.
Vous n’êtes pas biologiste ? Ce cours vous apportera les connaissances nécessaires à la compréhension des entités et phénomènes biologiques impliqués : cellule, chromosome, ADN, génome, gènes, transcription, traduction, code génétique, protéines, tous ces termes et d’autres encore vous seront expliqués dans ce contexte de l’interprétation des génomes par des moyens informatiques.
Vous n’êtes pas informaticien ? Ce cours se veut simultanément une introduction à l’algorithmique sur des séquences de caractères. Recherche de motifs, similarité de séquences, chaînes de Markov, reconstruction d’arbres phylogénétiques. Les algorithmes de base impliqués dans ces démarches seront présentés.
Vous n’êtes ni biologiste, ni informaticien ? Ce cours est une opportunité pour aborder conjointement la génomique et l’algorithmique, ou si vous préférez, l’algorithmique et la génomique…
Grâce à un outil dédié (notebooks iPython), vous aurez la possibilité de faire exécuter les algorithmes présentés et d’apprécier ainsi leur pertinence sur des données réelles. Et si vous souhaitez aller encore plus loin, cet outil vous permettra de modifier les programmes écrits en Python qui mettent en œuvre les algorithmes, voire d’en écrire de nouveaux et de les tester.
Syllabus
Plan du cours
- Semaine 1 : ADN et séquences génomiques
- Semaine 2 : Gènes et protéines
- Semaine 3 : Prédiction des gènes
- Semaine 4 : Comparaison de séquences
- Semaine 5 : Arbres phylogénétiques
Taught by
Thierry Parmentelat and François Rechenmann
Tags
Related Courses
Computational BiologyBrilliant Epidemics I
The University of Hong Kong via edX Hacking COVID-19 — Course 5: Tracing SARS-CoV-2's Evolution
University of California, San Diego via Coursera Inquiries Into Bipedalism
Dartmouth College via Coursera Introduction to Biology: Evolution
Rice University via Coursera